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简州大耳羊早期胎儿到新出生阶段背最长肌中可变剪接的鉴定与分析
作者: 郭家中 陶海溪 李鹏飞 李利 张红平
关键词: RNA-seq 可变剪接 背最长肌 简州大耳羊
摘要：可变剪接广泛存在于动植物的各个组织中,是形成动植物体内蛋白质多样性和复杂性的重要机制之一.以简州大耳羊为研究对象,采集母羊妊娠期第45天、60天、105天胎儿以及出生后第3天羔羊的背最长肌组织,进行转录组测序.测序数据经比对、组装后,共鉴定出来自于4 562个(16.77％)已注释基因的137 308个可变剪接事件.其中,所占比例最高的类型为外显子跳跃(30.64％),而3′端可变剪接位点、内含子保留、5′端可变剪接位点的比例分别为19.47％、18.07％和10.92％.对RBMs、HNRNPs和SRSFs 3类可变剪接调控因子中58个基因表达量分析表明,19个基因的表达量呈现显著差异(P＜0.05);其中15个基因在妊娠期第45天和第60天的表达量显著高于其他2个阶段.GO功能注释和富集分析结果表明,4个阶段均发生可变剪接的基因显著富集在细胞表达调控和物质合成等过程(P＜0.05).值得注意的是,在妊娠期第60天,可变剪接事件、可变剪接基因的数量和可变剪接因子表达量均显著高于其他阶段,并且特异性基因显著富集在有丝分裂和大分子合成相关过程.上述结果表明,妊娠期第60天胎儿的成肌过程非常活跃,暗示可变剪接在山羊背最长肌发育过程中具有重要作用,为深入探索可变剪接在山羊肌肉发育中的作用提供理论依据.
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